L'analisi della fauna proveniente dai giacimenti archeologici rappresenta un campo d'indagine indispensabile alla ricostruzione del quadro paleoeconomico. Le indagini condotte nell'ambito del gruppo di ricerca coordinato da Maria Grazia Melis hanno avuto inizio nel 1995 con lo studio dei resti faunistici rinvenuti nello scavo della Tomba 3 della necropoli di Iloi/Ispiluncas (Sedilo). Successivamente sono stati studiati i materiali del villaggio eneolitico di Su Coddu (Selargius) e, più recentemente, quelli della necropoli eneolitica di S'Elighe Entosu (Usini). Lo studio delle faune è stato condotto con differenti approcci scientifici con il fine di ricostruire il ruolo che rivestivano gli animali nelle società preistoriche del tempo. Alle tradizionali modalità di studio archeozoologico, basate sull'osservazione macroscopica dei resti e sull'analisi comparativa con il fine di identificare le specie di appartenenza, nei laboratori di archeozoologia del Dipartimento di Medicina Veterinaria vengono affiancate analisi microscopiche su sezioni sottili di ossa e analisi del DNA antico animale. Lo studio microscopico di sezioni sottili di tessuto osseo consente l'osservazione degli osteoni, la cui forma e disposizione spaziale ci forniscono importanti dati sia per l'identificazione della specie nel caso di frammenti di ridotte dimensioni, sia per attribuire l'età di morte e a volte anche per avere informazioni sulle sollecitazioni meccaniche sopportate dall'osso in vita, suggerendo se l'animale ha condotto vita selvatica o domestica. L'analisi del DNA antico, nonostante le difficoltà insite nelle tecniche di estrazione e amplificazione, rappresenta una delle frontiere più innovative e ricche di aspettative nel campo dell'archeozoologia. Tramite lo studio di sequenze della regione D-loop e della citocromo b del DNA mitocondriale è possibile stabilire le "distanze genetiche" tra popolazioni animali vissute nelle varie epoche e ripercorrere le tappe evolutive che hanno seguito gli animali in un determinato territorio. Da recenti studi eseguiti nel nostro laboratorio è emerso, per esempio, che gli ovini sardi a partire dal Neolitico sino ai nostri giorni hanno presentato elementi di variabilità genetica fornendo una prova all'ipotesi che siano avvenute diverse ondate immigratorie nel corso del tempo.